轉錄產物的問題，透過圖書和論文來找解法和答案更準確安心。 我們找到下列問答集和資訊懶人包

分子克隆實驗指南（上中下）（原書第四版）

為了解決轉錄產物的問題，作者（美）M.R.格林 這樣論述：

分子克隆技術30多年來一直是全球生命科學領域實驗室專業技術的基礎。冷泉港實驗室出版的《分子克隆實驗指南》一書擁有的可靠性和*性，使本書成為業內流行、具影響力的實驗室操作指南。第四版的《分子克隆實驗指南》保留了之前版本中備受讚譽的細節和準確性，10個原有的核心章節經過更新，反映了標準技術的發展和創新，並介紹了一些前沿的操作步驟。同時還修訂了第三版中的核心章節，以突出現有的核酸製備和克隆、基因轉移及表達分析的策略和方法，並增加了12個新章節，專門介紹激動人心的研究策略，包括利用DNA 甲基化技術和染色質免疫沉澱的表觀遺傳學分析、RNAi、新一代測序技術，以及如何處理數據生成和分析的生物信息學，例如

介紹了分析工具的使用，如何比較基因和蛋白質的序列，鑑定多個基因的常見表達模式等。 本書還保留了必不可少的附錄：包括試劑和緩衝液、常用技術、檢測系統、一般安全原則和危險材料。任何使用分子生物學技術的基礎研究實驗室都將因擁有一冊《分子克隆實驗指南》而受益。 本書可作為學習遺傳學、分子細胞生物學、發育生物學、微生物學、神經科學和免疫學等學科的重要指導，可供生物學、醫藥衛生，以及農、林、牧、漁、檢驗檢疫等方面的科研、教學與技術人員參考。 Originally published in English as Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Fourth

Edition, by MichaelR.Green and Joseph Sambrook ? 2012 Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NewYork, USA? 2017 Science Press. Print in China.Authorized Simplified Chinese translation of the English edition ? 2012 Cold Spring Harbor LaboratoryPress. This translation is published a

nd sold by permission of Cold Spring Harbor Laboratory Press, the owner of all rights to publish and sell the same. 《分子克隆實驗指南·上冊》目錄： 第1章DNA的分離及定量 導言 方案1SDS鹼裂解法製備質粒DNA：少量製備 方案2SDS鹼裂解法製備質粒DNA：大量製備 方案3從革蘭氏陰性菌（如E.coli）中分離DNA 方案4乙醇法沉澱DNA 方案5異丙醇法沉澱DNA 方案6用微量濃縮機進行核酸的濃縮和脫鹽 方案7丁醇抽提法濃縮核酸 方案8聚乙二醇沉澱法製

備M13噬菌體單鏈DNA 方案9M13噬菌體鋪平板 方案10M13噬菌體液體培養 方案11M13噬菌體雙鏈（複製型）DNA的製備 方案12利用有機溶劑分離純化高分子質量DNA 方案13用蛋白酶K和苯酚從哺乳動物細胞中分離高分子質量DNA 方案14一步法同時提取細胞或組織中的DNA、RNA和蛋白質 方案15從鼠尾或其他小樣本中製備基因組DNA 替代方案：不使用有機溶劑從鼠尾分離DNA 替代方案：一管法從鼠尾中分離DNA 方案16快速分離酵母DNA 方案17微型凝膠電泳後使用溴化乙錠（EB）估算條帶中DNA數量 方案18利用Hoechst33258通過熒光分析儀估算DNA濃度 方案19用PicoG

reen定量溶液中的DNA 信息欄 第2章DNA分析 導言 方案1瓊脂糖凝膠電泳 方案2瓊脂糖凝膠中DNA的染色檢測 方案3聚丙烯酰胺凝膠電泳 方案4聚丙烯酰胺凝膠中DNA的染色檢測 方案5聚丙烯酰胺凝膠中DNA的放射自顯影檢測 方案6鹼性瓊脂糖凝膠電泳 附加方案：鹼性瓊脂糖凝膠的放射自顯影 方案7成像：放射自顯影和感光成像 方案8用玻璃珠從瓊脂糖凝膠中回收DNA 方案9低熔點瓊脂糖凝膠中DNA的回收：有機溶劑抽提法 方案10聚丙烯酰胺凝膠中DNA片段的回收：壓碎與浸泡法 方案11Southern印跡 方案12Southcm印跡：DNA從一塊瓊脂糖凝膠同時向兩張膜轉移 方案13採用放射性標記探

針對固定在膜上的核酸DNA進行Southern雜交 附加方案：從膜上洗脫探針 信息欄 第3章質粒載體克隆與轉化 導言 方案1製備和轉化感受態大腸桿菌的Hanahan方法：高效轉化策略 方案2製備和轉化感受態大腸桿菌的Inoue方法：“超級感受態”細胞 方案3大腸桿菌的簡單轉化：納米顆粒介導的轉化 替代方案：一步法製備感受態大腸桿菌：在同一溶液中轉化和儲存細菌細胞 方案4電穿孔法轉化大腸桿菌 方案5質粒載體克隆：定向克隆 方案6質粒載體克隆：平末端克隆 方案7質粒DNA的去磷酸化 方案8向平末端DNA添加磷酸化銜接子／接頭 方案9克隆PCR產物：向擴增DNA的末端添加限制性酶切位點 方案10克隆

PCR產物：平末端克隆 方案11克隆PCR產物：製備T載體 方案12克隆PCR產物：TA克隆 方案13克隆PCR產物：TOPOTA克隆 方案14使用X—Gal和IPTG篩選細菌菌落：α—互補 信息欄 第4章Gateway重組克隆 導言 方案1擴增Gateway載體 方案2製備可讀框入門克隆和目的克隆 方案3應用多位點LR克隆反應製備目的克隆 信息欄 第5章細菌人工染色體及其他高容量載體的應用 導言 方案1BAC DNA的小量分離和PCR檢驗 方案2BAC DNA的大量製備和線性化 方案3通過脈衝電場凝膠電泳檢驗BAC DNA的質量和數量 方案4兩步BAC工程：穿梭載體DNA的製各 方案5A同源

臂（A—Box）和B同源臂（B—Box）的製備 方案6克隆A和B同源臂到穿梭載體 方案7重組穿梭載體的製備和檢驗 方案8通過電穿孔法轉化重組穿梭載體到感受態BAC宿主細胞 方案9共合體的檢驗和重組BAC克隆的篩選 方案10一步BAC修飾：質粒製備 方案11A同源臂（A—Box）的製備 方案12克隆A同源臂到報導穿梭載體 方案13用RecA載體轉化BAC宿主 方案14轉移報導載體到BAC／RecA細胞以及共合體的篩選 方案15釀酒酵母（S.cerevisiae）的生長和DNA製備 方案16酵母DNA的小量製備 信息欄 第6章真核細胞RNA的提取、純化和分析 導言 方案1從哺乳動物的細胞和組織中提

取總RNA 替代方案從小量樣本提取RNA 方案2從斑馬魚胚胎和成體中提取總RNA 方案3從黑腹果蠅提取總RNA 方案4從秀麗隱桿線蟲中提取總RNA 方案5從釀酒酵母菌中採用熱酸酚提取總RNA 方案6RNA定量和儲存 方案7RNA的乙醇沉澱 方案8通過無RNase的DNaseI處理去除RNA樣品中的DNA污染 方案9Oligo（dT）磁珠法提取poly（A）+mRNA 方案10按照大小分離RNA：含甲醛的瓊脂糖凝膠電泳 方案11根據分子質量大小分離RNA：RNA的尿素變性聚丙烯酰胺凝膠電泳 方案12瓊脂糖凝膠中變性RNA的轉膜和固定 替代方案下行毛細管轉移 方案13聚丙烯酰胺凝膠的電轉移和膜固定

方案14Northern雜交 方案15純化RNA的點雜交和狹縫雜交 方案16用核酸酶S1對RNA作圖 方案17核糖核酸酶保護分析：用核糖核酸酶和放射性標記的RNA探針對RNA作圖 方案18引物延伸法分析RNA 信息欄 第7章聚合酶鏈反應 導言 方案1基礎PCR 方案2熱啟動PCR 方案3降落PCR 方案4高GC含量模板的PCR擴增 方案5長片段高保真PCR（LAPCR） 方案6反向PCR 方案7巢式PCR 方案8mRNA反轉錄產物cDNA的擴增：兩步法RT—PCR 方案9由mRNA的5’端進行序列的快速擴增：5’—RACE 方案10由mRNA的3’端進行序列的快速擴增：3’—RACE 方案1

1使用PCR篩選克隆 信息欄 第8章生物信息學 導言 方案1使用UCSC基因組瀏覽器將基因組註釋可視化 方案2使用BLAST和ClustaIW進行序列比對和同源性檢索 方案3使用Primer3Plus設計PCR引物 方案4使用微陣列和RNA—seq進行表達序列譜分析 方案5將上億短讀段定位至參考基因組上 方案6識別ChIP—seq數據集中富集的區域（尋峰） 方案7發現順式調控基序 信息欄 …… 《分子克隆實驗指南·中冊》 《分子克隆實驗指南·下冊》

siRNA和miRNA介導的基因沉默︰從實驗室到臨床應用

為了解決轉錄產物的問題，作者（挪）西烏德（主編） 這樣論述：

介紹了RNA干涉成為抑制基因表達和研發治療試劑的重要方法，然而，這一技術仍然存在諸多問題，譬如傳遞、穩定性和脫靶作用（非目的基因的沉默和先天免疫系統的激活）的危害。在《siRNA和miRNA介導的基因沉默:從實驗室到臨床應用(導讀版)》中，多位經驗豐富的專家探討了siRNA設計、表達、傳遞、活體成像、將siRNA不利作用最小化的方法以及在病患中的應用等。 作為《分子生物學方法》系列叢書的一卷，《siRNA和miRNA介導的基因沉默:從實驗室到臨床應用(導讀版)》各章針對各自的主題提供了易于使用的最新信息，包括分步驟的實驗方案，如新的配方設計和可應用于體內外的實驗策略、有效的治療靶標基因、mi

RNA功能組分、生源論和病毒感染干涉。 前言 撰稿人 第1章 運用統計學和聚類分析的方法選擇有效的siRNA序列 第2章 破解先天免疫識別siRNA的密碼 第3章 哺乳動物細胞中反義寡核　酸和siRNA的靶向輸送 第4章 用于局部及全身性治療的寡核　酸siRNA的導入 第5章 siRNA轉導及沉默成像 ...... 第22章 運用siRNA直接抑制BCR-A BL轉錄產物的方法來靶向治療耐伊馬替尼的慢性髓細胞白血病患者 索引

探討長鏈非編碼核糖核酸在自發性腦出血的神經損傷及預後的角色

為了解決轉錄產物的問題，作者連銘銅 這樣論述：

腦中風可分為缺血性中風和出血性中風兩種，而出血性中風的死亡率較缺血性中風高出許多。出血性中風以自發性腦出血 （spontaneous intracerebral hemorrhage，ICH）為主，一個月內死亡率可高達50-60%，三個月內死亡率約40%。雖然緊急移除血塊的手術治療可減少血塊擴大造成進一步壓迫周遭正常腦組織、水腦症等引發嚴重的腦水腫和顱內壓上升外，但6個月內造成殘障的機率仍高達80%，進而造成永久之失能。近年來基因體醫學的進展迅速，目前已經發現真核生物基因體的轉錄程度遠超越過去生物學家的認知；過去認為真核生物的基因主要轉錄為信使核醣核酸 (messeger RNA，mRNA)

及微核醣核酸 (microRNA，miRNA)，其實只佔所有轉錄基因數量約1%，大於90%的真核基因體轉錄為長鏈非編碼核醣核酸 (long noncoding RNA，lncRNA)。lncRNA是由一群異質性高，長度大於200核苷酸的非編碼RNA所組成。許多lncRNA已經被發現在調節生理及病理機轉上具有重要性，他們雖然不能轉錄蛋白質，但卻能經由改變表觀基因體(epigenetic)、基因體轉錄及核酸轉譯的機制來調節生理功能及疾病發生。在癌症及退化性神經疾病的領域，已經有許多研究證明lncRNA的異常表現是導致人體癌症及神經元變化的重要機轉。雖然lncRNA在人類疾病的研究發展十分迅速，但目

前針對lncRNA在ICH而導致神經損傷及預後的研究仍非常稀少，lncRNA在自發性腦出血的病態生理上的角色也仍不清楚。因此，我們研究的目標為尋找與ICH病人相關之lncRNA，並探討和ICH的神經細胞受損及預後之關係。我們一共招募ICH病人15位(年齡58.7±11.0，男性占53%)和年齡及性別相符之非中風對照組受試者9位(年齡61.7±13.9，男性占44%)，ICH個案收集腦出血後24小時內的周邊血液並追蹤三個月的臨床預後，對照組則收集一次的周邊血液，這些血液經離心後進行RNA萃取。利用次世代高速核酸定序法（RNA sequencing）比較ICH病人和非中風對照組受試者的血中lncR

NA的表現形態差異，分析這些與ICH相關的lncRNA在ICH病人中的疾病嚴重度及臨床預後之關係，進一步探詢ICH的神經細胞損傷之機轉。最後運用Quantitative real-time polymerase chain reaction方法來確認我們所找尋的lncRNA的正確性。 經由RNA seq實驗比較ICH病人和非中風對照組受試者的血中lncRNA及mRNA的表現形態差異，結果發現兩組表現有顯著差異的lncRNA共有10個，mRNA共有60個。且相較對照組，ICH病人都呈現down regulation的現象。由於lncRNA常藉由順式調控(cis-regulation)來發

揮其表觀遺傳學調控(epigenetic regulation)的功能，所以我們也尋找這10個lncRNA附近的mRNA(cis-mRNA)) ，但發現這些cis-mRNA並未出現在這60個mRNA中，因此推測這些lncRNA可能藉由其他機轉來發揮它們的功能，需再進一步研究它們的調控機轉。接著，我們進一步分析這10個lncRNA和60個mRNA與ICH疾病嚴重度和臨床預後之間的關係。疾病嚴重度則以入院時NIHSS分數和ICH出血量作為指標，臨床預後以出血後三個月的modified Rankin Scale (mRS)作為指標，發現這10個lncRNA在疾病嚴重度與臨床預後上均無明確相關。我們亦

針對mRNA作ICH病嚴重度與臨床預後之分析，發現在臨床疾病嚴重度有1個mRNA (PRPF40A)達到統計上顯著差異(p < 0.05)，在臨床預後有2個mRNA (RNA28SN5、RNA28SN3)達到統計上顯著差異(p < 0.05)，接著再進一步分析這些lncRNA附近的mRNA (cis-mRNA))及mRNA所牽涉之病理生理機轉及相關路徑，包含可能與endoplasmic reticulum membrane、transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway、ribosomal mRNA a

nd mRNA processing factor及 platelet aggregation / activation等有相關。我們也建立ICH細胞傷害模式探討lncRNA在致病機轉之角色，培養人類SH-SY5Y細胞株，並將血液溶血後的產物氯化血紅素(hemin)加至細胞培養液當成ICH細胞傷害模式，藉由前述找出在ICH病人所具有的潛力lncRNA及mRNA作為標的基因(target gene)，運用Quantitative real-time polymerase chain reaction方法驗證以hemin為ICH細胞傷害模式的SH-SY5Y細胞是否有相同表現。我們從前述10個與IC

H有意義的lncRNA選出其中4個，從60個與ICH有意義的mRNA選出其中6個，用qRT-PCR的方式對我們收集的細胞檢體作驗證，實驗結果發現隨著hemin-treated時間增加，這些lncRNA與mRNA的變化大多呈現上升現象(upregulation) ，其中mRNA中的TLN1在hemin-treated 9小時與24小時有達到統計上顯著差異。總結來說，我們這個研究完整分析ICH發生後，血中的lncRNA及mRNA在發病後24小時內的變化，並且探討ICH病人血中的lncRNA及mRNA表現與其疾病嚴重度和臨床預後之間的關係。結果發現相較於非ICH對照組，ICH病人血中的特定lncRN

A及mRAN有明顯down regulation的現象。回溯過去的文獻，相關的研究結果多來自於缺血性中風病患或者腦出血動物實驗，本研究的初步成果提供了具潛力的與ICH發生後的病生理機制及臨床生物標誌的未來可以努力的目標及方向。