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淡江大學 國際事務與戰略研究所博士班 黃介正所指導 張祥山的 間諜兵學之理論與實踐：以中共對台諜報工作為例(2000-2020年) （2020），提出谷正文 白色恐怖秘密檔案關鍵因素是什麼，來自於間諜、諜報工作、秘密行動、反間諜工作。
而第二篇論文國立政治大學 台灣史研究所 薛化元所指導 李佳蔚的 鹿窟事件及其後處置之研究 （2020），提出因為有 鹿窟事件、白色恐怖、不當審判、轉型正義的重點而找出了 谷正文 白色恐怖秘密檔案的解答。
間諜兵學之理論與實踐：以中共對台諜報工作為例(2000-2020年)
為了解決谷正文 白色恐怖秘密檔案 的問題，作者張祥山 這樣論述：
情報或情報活動為當今國家戰略、決策乃至謀略不可或缺之一環，如何依據國家安全戰略目標，提出符合國家需求之情報，是國家情報工作探究的重要課題。而伴隨著情報工作而來的間諜活動，無疑的，是隨著國家的產生而產生，是國家生存和發展的客觀需要。易言之，間諜活動是一種國家行為，是國家的基本職能之一，它的成敗和國家的根本利益息息相關。 本論文研究的主題是間諜活動的理論與實際，並兼論中共對台的諜報活動。其研究的目的，旨在透過對諜報工作的思想理論與實際活動之研究探討，進一步瞭解到中共的對台情蒐、滲透、秘密行動等等的陰謀活動之技倆，並因應時代變遷提出未來轉型應對思維，企盼有助國內反間諜工作、以及相關國安情報機
關推動工作，有效提升工作能量之參考。由於具參考作用，因此本研究探討觀點並非定論，對於相關間諜活動問題的博士論文中，在國內尚屬首創學術性探討研究的先例。 本論文研究以探討情報間諜理論與實務作為開篇，核心內容圍繞在間諜活動的意涵、間諜工作的實踐、秘密行動工作的實踐，以及中共的情報理論變遷、中共的對台諜報活動，與我國反間諜工作的實踐、諜報工作未來的挑戰等，展開了全面性的研究探討論析，讓現實實務對照理論邏輯，讓理論邏輯指導現實實務，企圖形成實踐的理論，以及理論的實踐，為工作能量有效提升提供驗證途徑。 全文概分如下七章：第一章為緒論，論述問題意識與研究目的、文獻探討、研究途徑與方法等。第二章
為當代情報間諜理論與實務，就情報間諜思想與理論、間諜活動的意涵與作用及其實踐等，提出研究論析。第三章為中共情報觀之持續與變遷，就中共情報思想理論演變、人民情報理論、特情偵察理論、中共情報學派歷史使命等，加以探討分析。第四章為2000年後中共對台諜報工作析論，就中共對台諜報組織、活動，提出分析研究。第五章為我國反間諜工作之實踐，就反間諜工作之意涵、措施、困境、法制化等，提出探索剖析。第六章為諜報工作未來之挑戰，嘗試從安全威脅的改變、網路科技的發展、情報監督的嚴求、間諜活動的轉型等面向，探討論析有關未來挑戰的各種應對思維。第七章為結論，總結本研究心得，提出研究發現、研究啟示。
鹿窟事件及其後處置之研究
為了解決谷正文 白色恐怖秘密檔案 的問題，作者李佳蔚 這樣論述：
1952年12月29日鹿窟事件（鹿崛事件）爆發，又稱之為鹿窟基地案。威權統治氛圍下，鹿窟事件作為1950年代白色恐怖時期最大的政治案件之一，涉及逮捕、判刑人數眾多，且牽連許多無辜善良、非知識份子之百姓。本文透過鹿窟事件受難者口述歷史、政府往來公文書以及相關法律判決書的分析包含：一，藉此瞭解鹿窟事件發生背景、逮捕階段之發展經過；二，探討鹿窟事件官方審判階段，如何透過刑法第一百條「內亂罪」、「懲治叛亂條例」以及「戡亂時期檢肅匪諜條例」等法規，做成形式上「依法」判決，實際上卻侵害受難者人權的問題，包括未接受官方法律判決之受難者，亦同樣遭到白色恐怖時期威權體制之迫害；三，梳理鹿窟事件政府善後的救濟情
形與轉型正義之發展，從「戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例」、「戒嚴時期人民受損權利回復條例」以及官方對於鹿窟事件轉型正義從過去到未來如何處置，作出進一步之檢討。鹿窟事件部分領導者因參與二二八事件而遭到當局肅清，領導者為求發展出路而來到鹿窟，並積極向外延伸新據點，且因涉及地區廣闊，故被官方羅織出不只一個「武裝基地」，實際上並沒有證據顯示鹿窟具有充備之武力能夠組成武裝基地。再者，政府形式上「依法」進行審判，但蔣介石及審判者對受判者恣意量行的行為以及審判流程諸多的不法不當，人民基本權益因此受到侵害。台灣解嚴後，政府對受難者進行金錢補償、歷史真相挖掘以及撤銷部分受難者之有罪判決，然而，對於有關加
害者的歷史責任歸屬等轉型正義仍走在未竟之路。