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化學信息學（第二版）

為了解決專利查詢系統的問題，作者李夢龍，文志寧（主編） 這樣論述：

《化學資訊學》（第二版）是“十二五”普通高等教育本科國家級規劃教材、普通高等教育“十一五”國家級規劃教材。本書在第一版的基礎上，著重針對中、外文期刊網路資料庫的檢索過程進行了介紹，並擴充了專利文獻與技術標準資料庫的相關內容。   全書主要分為四大部分，共12章，其中第1章概述了化學資訊學的產生及特點；第2～8章講述了化學資訊的來源，包括紙質版的手冊，書籍，搜尋引擎，目前廣為使用的中、外文期刊文獻資料庫以及專利文獻與技術標準資料庫；第9～11章介紹了化學資訊的處理工具（即化學軟體）、處理方法（相關化學計量學演算法）以及定量構效關係（QSAR）的原理及應用，並新增了部分例子；在第12章中，對生物資

訊學領域的研究進行了概述。 《化學資訊學》（第二版）可作為高等院校化學、化工及相關專業本科“化學資訊學”課程的入門教材，另外，書中提供了大量與化學資訊學相關的網址，亦可作為研究生的參考書籍。 第1章概述1 1.1什麼是化學資訊學1 1.2化學資訊學的誕生背景1 1.3資訊科學在化學領域的應用2 1.4化學資訊採集介面2 1.5化學資訊的結構和特點3 1.6化學資訊的工作方式4 1.7化學資訊學的應用4 1.7.1化合物結構繪製4 1.7.2化學資料庫設計與開發4 1.7.3化學反應體系模擬5 1.7.4電腦輔助波譜解析5 1.7.5化合物結構與活性關係預測5 1.7.6實

驗室資訊管理系統5 1.8展望5 第2章化學資訊來源7 2.1辭典7 2.2手冊7 2.3化學期刊9 2.3.1綜合類期刊10 2.3.2有機化學期刊10 2.3.3分析化學期刊11 2.3.4無機化學期刊12 2.3.5物理化學期刊12 2.4圖書館資源13 2.4.1生命科學圖書館13 2.4.2中國科學院大連化學物理研究所圖書館13 2.4.3中國科學院國家科學圖書館14 2.4.4國家科技圖書文獻中心16 2.4.5清華大學圖書館17 2.4.6中國國家圖書館18 2.4.7哈佛大學圖書館19 2.4.8斯坦福大學圖書館19 2.5化學化工資源資訊平臺20 2.5.1化學資訊網20

2.5.2ComputerAidedChemistryTutorial21 2.5.3WiltonHighSchoolChemistry22 擴展閱讀：信息22 第3章資訊搜尋引擎23 3.1概述23 3.1.1搜尋引擎的原理23 3.1.2搜尋引擎的歷史及發展趨勢24 3.2搜尋引擎的定義及分類27 3.2.1全文檢索搜尋引擎27 3.2.2目錄索引類搜尋引擎27 3.2.3元搜尋引擎27 3.2.4垂直搜尋引擎28 3.3搜尋引擎查詢方法28 3.3.1模糊查詢28 3.3.2精確查詢29 3.3.3邏輯查詢29 3.3.4查詢範圍限制29 3.4常用的全文檢索搜尋引擎30 3.4.1百

度30 3.4.2Google中國31 3.4.3維琪百科31 3.5常用的學術搜尋引擎33 3.5.1BASE33 3.5.2SciTechConnect34 3.5.3CiteSeerX35 3.6常用的元搜尋引擎35 3.6.1Dogpile35 3.6.2Excite36 3.6.3Ixquick36 3.6.4Mamma37 3.6.5Metacrawler38 3.6.6ProFusion38 3.6.7Savvysearch39 3.7專業搜尋引擎39 3.7.1專業搜尋引擎的優勢39 3.7.2著名的專業搜尋引擎39 擴展閱讀：百度搜索技巧41 第4章文獻檢索概述42 4.1

文獻檢索的意義42 4.1.1文獻的定義42 4.1.2資訊檢索的含義42 4.1.3文獻檢索的意義42 4.2文獻檢索的基礎知識42 4.2.1邏輯運運算元42 4.2.2萬用字元43 4.2.3位置算符43 4.2.4主要檢索欄位44 4.2.5文獻資源分類45 4.2.6主要文獻類型45 4.3文獻檢索基本流程46 4.4文獻檢索途徑及案例47 4.4.1研究類文獻檢索47 4.4.2資料事實檢索50 第5章中文學術論文資來源資料庫65 5.1中國知網65 5.1.1中國知網概況65 5.1.2中國學術期刊(網路版)65 5.1.3中國學術輯刊全文資料庫65 5.1.4中國博士學位論文

全文資料庫67 5.1.5中國優秀碩士學位論文全文資料庫71 5.1.6中國重要會議論文全文資料庫71 5.1.7CNKI國家科技成果資料庫72 5.2萬方資料知識服務平臺73 5.2.1萬方資料知識服務平臺概況73 5.2.2中國學術期刊資料庫74 5.2.3中國學位論文全文資料庫74 5.2.4中國學術會議文獻資料庫75 5.2.5中文科技報告資料庫76 5.3維普網77 5.3.1維普期刊資源整合服務平臺概況77 5.3.2中文科技期刊資料庫77 5.3.3中國科學指標資料庫79 第6章外文學術論文資來源資料庫81 6.1WebofScience81 6.1.1WebofScience

概況81 6.1.2WebofScienceCoreCollection83 6.1.3DerwentInnovationsIndex91 6.1.4INSPEC93 6.1.5ChineseScienceCitationDatabase93 6.1.6JournalCitationReports94 6.2美國《化學文摘》94 6.2.1美國化學文摘概況94 6.2.2美國《化學文摘》(網路版)95 6.2.3SciFinder檢索方式及檢索結果95 6.3《工程索引》104 6.3.1EngineeringVillage概況104 6.3.2EiCompendex檢索方式及檢索結果105

6.4ScienceDirect109 6.4.1ScienceDirect資料庫簡介109 6.4.2ScienceDirect檢索方式及結果109 6.5WileyOnlineLibrary113 6.5.1WileyOnlineLibrary資料庫簡介113 6.5.2WileyOnlineLibrary檢索方式及檢索結果114 6.6SpringerLink118 6.6.1SpringerLink資料庫簡介118 6.6.2SpringerLink檢索方式及檢索結果118 6.7其他外文文獻資料庫120 6.7.1OnlineComputerLibraryCenter120 6.7.

2ProQuest平臺121 第7章專利文獻與技術標準123 7.1專利文獻123 7.1.1專利概述123 7.1.2美國專利文獻概述125 7.1.3中國專利文獻概述128 7.1.4中國專利全文資料庫129 7.1.5萬方中外專利資料庫129 7.1.6SIPO中國及多國專利查詢系統130 7.2技術標準132 7.2.1技術標準概述132 7.2.2國際標準組織(ISO)簡介132 7.2.3ISO9000族標準及ISO14000族標準簡介132 7.2.4中國標準的分類133 7.2.5國家標準全文資料庫134 7.2.6中國行業標準全文資料庫134 7.2.7中外標準資料庫135

第8章化學資訊資料庫資源136 8.1資料庫簡介136 8.1.1數據136 8.1.2資料庫136 8.1.3資料庫管理系統136 8.1.4資料庫系統(databasesystem)137 8.2資料庫歷史及分類137 8.2.1資料庫歷史137 8.2.2資料庫的模型分類139 8.3三類化學資訊資料庫139 8.3.1文獻資料庫139 8.3.2事實資料庫140 8.3.3結構資料庫140 8.4Internet上的化學化工資料庫140 8.4.1SpectralDatabaseforOrganicCompounds140 8.4.2NISTChemistryWebBook141

8.4.3NISTAtomicSpectraDatabase142 8.4.4Reaxys資料庫143 8.4.5劍橋晶體資料庫144 第9章化學軟體147 9.1概述147 9.2化學軟體的分類148 9.3語言軟體和依託演算法的化學計算軟體149 9.3.1MATLAB149 9.3.2R語言161 9.4繪圖軟體170 9.4.1ChemBioOffice170 9.4.2ACD/ChemSketch5.0171 9.4.3SymyxDraw173 9.5化學分析儀器資料處理軟體174 9.5.1GRAMS174 9.5.2MestReNova177 9.5.3Origin178 9.

6分子類比軟體179 9.6.1分子對接軟體AutoDock179 9.6.2量子化學計算軟體——Gaussian程式180 9.6.3分子動力學類比軟體182 第10章資訊處理與資料採擷185 10.1概述185 10.2數據的標準化186 10.3特徵提取與優化186 10.3.1主成分分析186 10.3.2偏最小二乘法189 10.3.3逐步回歸分析189 10.3.4遺傳演算法191 10.4信號處理方法192 10.4.1協方差與相關係數193 10.4.2自、互相關分析193 10.4.3功率譜密度194 10.4.4傅裡葉變換194 10.4.5小波變換195 10.5機器學

習方法198 10.5.1K最近鄰法198 10.5.2概率神經網路198 10.5.3分類回歸樹199 10.5.4助推法200 10.5.5人工神經網路201 10.5.6支持向量機204 10.6資料庫挖掘技術206 10.6.1聚類演算法206 10.6.2決策樹演算法207 10.7Web資料採擷技術207 10.7.1Web內容挖掘207 10.7.2Web結構挖掘207 10.7.3Web日誌挖掘208 擴展閱讀：化學計量學208 第11章QSAR及藥物設計209 11.1概述209 11.2QSAR模型的分類210 11.2.1二維定量構效關係(2DQSAR)210 11.2

.2三維定量構效關係(3DQSAR)212 11.2.3多維定量構效關係214 11.2.4方法評價215 11.3定量構效關係研究中常用的回歸分析法216 11.3.1多元線性回歸216 11.3.2主成分回歸217 11.3.3偏最小二乘回歸217 11.3.4投影尋蹤回歸218 11.3.5非線性方法219 11.4藥物設計219 11.4.1類藥性220 11.4.2脂水分佈係數lgP220 11.4.3腦血分配係數220 11.4.4腸穿透性221 11.4.5水溶性221 11.4.6毒性221 11.5精准醫療221 11.6高通量篩選222 11.7QSAR方法的應用示例222

擴展閱讀：定量構效關係226 第12章生物資訊學227 12.1什麼是生物資訊學227 12.2生物資訊學的發展歷程228 12.3生物資訊學的研究內容230 12.3.1生物資訊挖掘230 12.3.2藥物設計231 12.3.3基因組學231 12.3.4蛋白質組學232 12.3.5代謝組學234 12.4生物資訊學的研究方法235 12.4.1數學統計方法235 12.4.2動態規劃方法235 12.4.3模式識別技術235 12.4.4資料庫技術235 12.4.5分子模型化技術235 12.4.6分子力學和量子力學計算236 12.4.7分子動力學模擬236 12.5生物資訊學

的應用236 12.6生物資訊學的研究趨勢及未來挑戰237 12.7蛋白質功能研究238 12.8蛋白質資料庫簡介239 12.8.1綜合性蛋白質資料庫240 12.8.2專用性蛋白質資料庫241 12.9蛋白質序列的特徵提取方法242 12.9.1基於氨基酸組成和位置的特徵提取方法243 12.9.2基於氨基酸物理化學特性的特徵提取方法244 12.9.3基於資料庫資訊挖掘的特徵提取方法245 12.10蛋白質相互作用247 12.11蛋白質網路252 12.11.1蛋白質蛋白質相互作用網路252 12.11.2氨基酸殘基網路254 擴展閱讀：高通量基因表達檢測技術255 參考文獻256

化學是一門以實驗為基礎的古老學科，科學家們致力於探索新物質的各類化學屬性。隨著實驗技術的進步，人們獲取資料的能力已有了很大的提高。時至今日，面對呈指數級增長的化學資料，化學家們發現在本學科的探索中，最大的瓶頸已不再是如何獲取未知物質的性質，而是如何從已有的實驗資料中提取更多的化學資訊，以總結規律。1995年，美國著名化學家Brown指出，化學家習慣于將99%的精力和資源用於資料的收集上，其餘1%用於資料的分析和處理，將資料轉化為資訊。 慶倖的是，現在越來越多的化學工作者們開始注意到這個問題並投身於化學資料的分析中，化學資訊學（cheminformatics）在這種情況下應運

而生，它是彙集化學、數學、資訊科學等交叉學科知識的研究領域，主要是通過對化學資訊的檢索、整理、分析以及視覺化，最終完成將資料轉化為資訊的過程。德國JohannGasteiger出版的《化學資訊學教程》一書亦指出，化學資訊學的任務就是運用資訊學的方法來解決化學的問題。 目前，化學資訊學主要涵蓋了化學資訊的獲取、化學資訊的表達以及化學資訊的處理三個方面的內容。作為一門新的基礎課程，如何儘快讓化學專業的本科生瞭解並掌握其中涉及的概念、方法以及網路資源是該學科建設亟待解決的主要問題。 本書第一版是“十二五”普通高等教育本科國家級規劃教材、普通高等教育“十一五”國家級規劃教材。本次修訂，著重對如下內

容進行了更新：（1）著重針對中文及外文期刊網路資料庫檢索過程的介紹進行了擴充，單獨在第4章、第5章對目前常用的資料庫進行了詳細的介紹；（2）在第6章中，對第一版未曾提到的專利文獻與技術標準進行了介紹；（3）在生物資訊學相關章節中，對目前熱門的領域，如精准醫療等進行了介紹；（4）對第一版各章節中的網路資源進行了更新，並新增了一些例子，便於學生們在學習過程中對內容進行理解。 本書由李夢龍、文志甯任主編，李益洲、郭延芝、戰玉華任副主編。感謝清華大學圖書館的戰玉華老師撰寫了本書第4章以及在後期修改過程中提出的寶貴意見。在本書編寫過程中，筆者實驗室的博士研究生柳媛以及碩士研究生梁羽、謝凡凡、覃柳、吉越

、胡文、郝穎異、黃雨瑤、郭佳麗等同學亦參與了資料的收集與整理工作，另外，化學工業出版社在此過程中提供了大力的支援，在此一併表示誠摯的感謝。 由於化學資訊學涉及面廣，編者的水準和時間有限，書中不足之處在所難免，懇請廣大讀者批評指正。 編者 2018年3月

專利查詢系統進入發燒排行的影片

以專利分析探討疫苗產業發展

為了解決專利查詢系統的問題，作者陳昱達 這樣論述：

專利制度發展以來，各國企業透過不斷研發並累積專利，創造企業保護與防禦之武器與能量，藉由專利法所賦予之排他權，佔有市場一席之地。在專利競賽中，尤以生物技術產業為最，因為生物技術產業科技含量雖高，但是商品化的腳步卻最為緩慢，且生物技術產業的研發成本高昂，因此十分需要專利的保護，讓企業研發的投資有所保障。於生物技術中又分門別類地區分出各種市場，其中疫苗產業在全球銷售額擴增也相當快速，因此若能了解到疫苗產業的發展方向及願景的話必能對我國生物技術產業帶來很大的助益。